扁桃体切除术对免疫功能的影响是患儿父母的主要关注点。杭州天目山医院 耳鼻喉科医生表示，人体咽部有很多淋巴器官，包括扁桃体、腺样体、咽侧索、舌根扁桃体，咽部淋巴滤泡、咽鼓管扁桃体等等，他们均是人体口咽部位的免疫器官，扁桃体、腺样体只是其中的两个器官，切除后，其他淋巴器官会迅速的代偿增生，弥补这两个器官的作用。

杭州天目山医院 耳鼻喉科医生介绍说，大量临床基础研究表明，切除扁桃体后免疫功能在近期和远期并无显著差异，而对于长期反复发作扁桃体炎的患儿，扁桃体反而是免疫系统的负担，切除后免疫指标反而增强。

国外作者研究分析35篇高质量研究文献(1971–2014年发表的)，共包括1 997例扁桃体手术患者，通过对研究中各种体液免疫和细胞免疫指标(如血浆总Ig和特异性Ig、分泌型IgA、细胞免疫参数和抗原特异性Ig)进行单独的Meta分析，结果显示扁桃体切除术不会对免疫系统造成具有临床意义的负面效应。杭州天目山医院 耳鼻喉科医生解释道：该结果应该能消除手术医生和患儿父母对扁桃体切除术可能造成不良临床后果的疑虑。

杭州天目山医院 耳鼻喉科医生提醒：如果急性扁桃体炎多次反复发作，一年发作4次以上，这时称为病灶性扁桃体炎，可能会引起人体其他器官的并发症，那么就要手术切除了。如果扁桃体严重肿大，影响到孩子的呼吸、吞咽和发音，孩子出现夜间睡眠打鼾甚至憋气现象，也要进行扁桃体切除术。